ANALISIS PCR-RFLP ENZIM HaeIII SECARA IN SILICO PADA FRAGMEN D-Loop DNA MITOKONDRIA DEMI KEPENTINGAN FORENSIK

Abstrak

DNA fingerprinting merupakan alat diagnostic paling akurat dalam kasus forensic. Metode ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi dan membedakan antar individu. Daerah D-loop DNA mitokondria merupakan fragmen polimorfis yang berpeluang untuk diteliti. Teknik Polymerase Chain Reaction-Restricted Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) akan dikembangkan untuk menunjang analisis DNA fingerprinting dengan penanda DNA mitokondria. Komponen yang paling penting pada teknik ini adalah penentuan enzim restriksi. Penelitian ini bertujuan untuk analisis secara in silico untuk mendeteksi restriction site fragmen D-loop DNA mitokondria, analisis enzim HaeIII secara PCR-RFLP in silico dan menguji enzim HaeIII tersebut dengan metode PCR-RFLP secara in vitro. Pada penelitian ini penentuan sekuen genom mitokondria manusia dari rCRS (revised Cambridge Reference Sequence) yang diperoleh dari NCBI reference sequence dengan nomor aksesi NC_012920.1, analisis jenis enzim dengan software FasPCR, dan analisis PCR-RFLP enzim HaeIII secara in silico pada laman The Web Server serta uji in vitro dengan enzim HaeIII. Hasil analisis PCR-RFLP secara in silico pada enzim HaeIII didapatkan enzim tersebut memiliki 2 posisi restriction site pada basa ke 16457 dan 323. Enzim restriksi HaeIII memotong fragmen D-Loop DNA mitokondria menjadi 3 fragmen DNA. Hasil ini telah diuji secara in silico dan in vitro yang menghasilkan panjang yaitu 106 bp, 435 bp, dan 318 bp.