Validasi Metode Methylation-Specific PCR dengan Sequencing untuk Deteksi Metilasi Gen Rassf1 Pada Pasien Kanker Payudara

Abstrak

Metastasis pada kanker payudara dapat terjadi karena peristiwa epigenetik yaitu metilasi DNA yang menyebabkan inaktivasi gen tumor supresor. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai penanda terjadinya metastasis pada kanker payudara adalah gen RASSF1 (gen tumor supresor). Metilasi dapat diidentifikasi menggunakan metode berbasis molekuler, misalnya real time PCR, MSP, dan sequencing. Methylation-specific PCR (MSP) merupakan metode deteksi metilasi yang sederhana dengan biaya terjangkau, serta memiliki sensitivitas tinggi. Namun akurasi hasilnya sangat bergantung pada visualisasi band DNA. Kegagalan visualisasi dapat terjadi jika jumlah amplikon terlalu sedikit, sehingga diperlukan validasi menggunakan sequencing sebagai gold standard untuk memastikan bahwa teknik MSP yang digunakan akurat dalam mendeteksi terjadinya metilasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui akurasi dari metode MSP dalam mendeteksi metilasi gen RASSF1 pada kanker payudara. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif observasional dengan desain cross-sectional yang dilakukan di Bagian Penelitian dan Pengembangan Rumah Sakit Kanker Dharmais (RSKD) pada Januari-Juni 2023. Spesimen yang digunakan berjumlah 16 jaringan kanker payudara. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa status metilasi gen RASSF1 pada keseluruhan sampel yang dideteksi dengan metode sequencing bersesuaian atau sama dengan hasil metode MSP, yaitu fully methylated. Hal ini membuktikan bahwa metode MSP dapat digunakan untuk mendeteksi status metilasi, sebagai alternatif metode sequencing.