DESAIN PRIMER DAN PROBE MELALUI PENDEKATAN BIOINFORMATIKA UNTUK DETEKSI GEN GAG HIV-1 MENGGUNAKAN qRT-PCR

Abstrak

Pemeriksaan konfirmasi viral load HIV dengan qRT-PCR merupakan pemeriksaan yang wajib dilakukan untuk monitoring terapi. Pengembangan metode deteksi HIV berbasis qRT-PCR dengan target sekuen gen lestari pada HIV-1, seperti gen Gag HIV-1 dapat menjadi alternatif pengembangan metode deteksi berbasis molekuler. Penelitian ini bertujuan merancang desain primer dan probe gen Gag HIV-1 yang sesuai untuk qRT-PCR melalui pendekatan bioinformatika. Sekuen gen Gag HIV-1 diunduh dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) nucleotide database GenPeptd (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/). Selanjutnya dilakukan uji kualitas dan uji homologi terhadap sekuen pasangan primer dan probe gen Gag HIV-1. Berdasarkan hasil penelitian, diperoleh sekuen pasangan primer gen Gag HIV-1 yang memenuhi persyaratan, yaitu 5'-GACATCAAGCAGCCATGC-3' (forward) dan 3’- CCAATCCAGGACGTACGTG -5' (reverse), dengan sekuen probe 5'- GGAAGCTGCAGAATGGGACAG-3'. Sekuen primer memiliki panjang 18 basa (forward) dan 19 basa (reverse) dengan GC content primer 57% (reverse), 55% (forward) dan 57% (probe), suhu leleh (Tm) primer sebesar 59ºC (forward), 61ºC (reverse) dan 66ºC (probe), tidak terbentuk hairpin loop dan dimer pada pasangan primer maupun probe, dan gen gag memiliki homologi 100% dengan HIV-1. Dapat disimpulkan bahwa sekuen pasangan primer dan probe memenuhi persyaratan dan dapat digunakan pada amplifikasi gen Gag HIV-1 menggunakan qRT-PCR.