OPTIMASI KONSENTRASI DAN LAMA WAKTU PERENDAMAN PEWARNA PADA PRODUK RT-PCR SECRETOGLOBIN FAMILY 2A MEMBER 2 (SCGB2A2) METODE ELEKTROFORESIS GEL AGAROSE SEBAGAI PENANDA KANKER PAYUDARA

Abstrak

Kanker payudara merupakan salah satu penyebab kematian tertinggi pada wanita di Indonesia. Deteksi dini berbasis molekuler menjadi pendekatan yang sensitif dan spesifik, salah satunya dengan mengidentifikasi ekspresi gen SCGB2A2 yang mengkode protein mammaglobin-A sebagai biomarker potensial. Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimalkan konsentrasi dan lama waktu perendaman pewarna fluoresen yaitu SerRed terhadap produk RT-PCR gen SCGB2A2 menggunakan metode elektroforesis gel agarose. Optimasi ini penting karena intensitas visualisasi pita cDNA sangat bergantung pada jumlah molekul pewarna yang berinterkalasi serta durasi perendaman ke dalam gel untuk menentukan akurasi interpretasi hasil PCR. Penelitian dilakukan secara quasi eksperimen dengan variasi konsentrasi pewarna (1× dan 3×) serta lama perendaman (10, 20, dan 30 menit). Visualisasi pita diamati menggunakan UV transilluminator dan dianalisis secara kuantitatif menggunakan perangkat lunak ImageJ berdasarkan luas area pita. Hasil menunjukkan bahwa kombinasi konsentrasi 3× dan waktu perendaman 30 menit memberikan hasil visualisasi paling optimal, dengan luas area pita tertinggi sebesar 44.913,33 dan 59.858,84. Dengan demikian, optimasi konsentrasi dan waktu perendaman pewarna berperan penting dalam meningkatkan kualitas visualisasi hasil amplifikasi RT-PCR gen SCGB2A2 sebagai penanda molekuler kanker payudara, terutama dalam penerapan metode RT-PCR konvensional di laboratorium dengan fasilitas terbatas.